O uso do host-is-down por NAGIOS para detectar que um host inteiro está inativo e, portanto, para não gerar alertas individuais para cada serviço, é sensato, e você deve continuar a usá-lo.
Mas se você desativar o alerta na verificação de host para baixo da impressora, você obterá o que deseja: nenhuma notificação de qualquer tipo quando a impressora está desligada, mas notificações de toner esgotado quando está ligado. Algo como:
define host{
name printer
notifications_enabled 0
[ ... ]
}
pode ser o que você quer.