Isso pode não ser o que você está procurando, se quiser apenas resolver o tempo necessário para reiniciar o verniz - mas, para recarregar a configuração, tenho a seguinte solução para você;
A configuração do Varnish é convertida em código-fonte C e compilada no carregamento. Portanto, o tempo necessário para carregar a configuração inclui tempo de compilação. É mais provável que isso esteja causando a longa espera por você.
Você pode usar o varnishadmin para carregar uma nova configuração, como esta:
# varnishadm
vcl.load my_alias_2013-04-13 /etc/varnish/config.vcl
vcl.use my_alias_2013-04-13
O exemplo acima também produzirá informações de depuração muito úteis se houver algo sintaticamente errado com o VCL. Ele não limpará seu cache nem interromperá o serviço. O vcl.use basicamente carrega um arquivo .so embutido e altera alguns ponteiros na memória - o que facilita a execução durante o tempo de execução sem precisar reiniciar o serviço inteiro.