cron não sabe onde encontrar mkdir . Portanto, se você não incluir um PATH em seu cron, sempre use caminhos absolutos. Isso funciona:
0 12 * * * /bin/mkdir /path/to/folder
Dê uma olhada na parte que começa com using cron no link. Você pode colocar um caminho e outras variáveis no topo de cron da seguinte forma:
SHELL=/bin/bash
PATH=/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin
MAILTO=root
HOME=/
Dessa forma, você tem acesso a /sbin/ , /bin/ , /usr/sbin/ e /usr/bin/ .
Eu mesmo prefiro incluir apenas um script em cron e definir os comandos dentro desse script.