Certifique-se de que o arquivo .pem esteja de fato onde você pensa.
Experimente rsync -avz -e "ssh -i ./mykey.pem" usando ./ .
Nota: Para esse exemplo, seu .pem deve estar dentro do diretório de trabalho atual. Se estiver em outro lugar, altere-o para usar um caminho absoluto ( /home/me/path/to/file.pem )