O Apache mantém seus arquivos de log abertos, portanto, a exclusão de um arquivo de log impede que o apache efetue o log-in, já que o descritor de arquivo antigo agora aponta para um inode excluído.
Você deve girar / excluir / truncar o arquivo de log, recriá-lo com propriedade e permissões corretas e, em seguida, emitir um apachectl graceful
para recarregar.
Como alternativa, o apache pode registrar erros no syslog; isso não sofre das mesmas limitações.