O eCryptfs adicionará uma pequena quantidade de dados de cabeçalho a um arquivo, portanto, se você tiver muitos milhares de arquivos, isso poderá explicar um pouco do espaço extra que está sendo usado.
Além disso, o Linux permite que os arquivos não sejam contíguos e eles podem ter "buracos" neles que não usam nenhum espaço. No entanto, o eCryptfs tem que criptografar esses furos (eles são efetivamente blocos zero que são criptografados) e, portanto, isso usa mais blocos do que o arquivo original que possui furos. Talvez seja esse o motivo da sobrecarga.