Se ele for assinado pela mesma raiz, o preço e a infra-estrutura para compra (você pode fazer tudo on-line com cartão de crédito, é fácil, etc.).
Você precisa estar atento a certificados raiz encadeados, em que (alguém como) o RapidSSL assina um certificado, e essa empresa então usa esse certificado para assinar o seu. A menos que você tenha uma boa razão, fique longe deles.
Eu comprei certificados do Namecheap.com antes - eles fornecerão um único certificado raiz. Consulte esta pergunta para saber mais.