Eu encontrei um interessante projeto (skypathy)
o que este projeto faz é rodar skype via empatia (sky-pathy)
com a ajuda de um plugin pidgin que também funciona com empatia
pidgin-skype eu instalei tudo como assim
sudo add-apt-repository ppa:skype-wrapper/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install skype skype-wrapper empathy pidgin-skype
sudo apt-get remove sni-qt
execute o skype primeiro. então skype-wrapper dar permissões e empatia Eu estou fazendo um arquivo .desktop mas não sei como iniciá-los todos um após o outro. e o sudo apt-get remove o sni-qt deve remover o meu ícone do skype do bit do painel de unidade que ele não faz.este é como o meu arquivo .desktop se parece
[Desktop Entry]
Version=1.0
Name=skypathy
GenericName=IM Client
X-GNOME-FullName=Skypathy full Internet Messaging
Comment=Chat on Google Talk, Facebook, skype, MSN and many other chat services
Exec=skype skype-wrapper empathy
Icon=/home/USERNAME/Desktop/skypathy.png
StartupNotify=false
Terminal=false
Type=Application
Categories=GNOME;GTK;Network;InstantMessaging;
Eu também tentei alterar o "Exec=" para um script que executa os aplicativos
skype && skype-wrapper && empathy
mas quando ele roda o skype ele não irá para o skype-wrapper até que o skype seja fechado como quando está rodando o skype-wrapper ele não irá para a empatia até que o skype-wrapper seja fechado
este é o ícone que eu usei (apenas por diversão) 
Você precisa executá-lo em segundo plano. Isso é conseguido usando o single "& amp;" caractere após um comando:
(skype &
sleep 3
skype-wrapper &
sleep 5
empathy &)
Os comandos precisam ser separados por um novo caractere de linha (a menos que alguém tenha uma ideia melhor).
Alterar:
skype && skype-wrapper && empathy
para:
skype& skype-wrapper & empathy