Não há nada de errado em usar uma ferramenta confiável de terceiros. Na verdade, alguns deles são cabeças e ombros acima do Windows Update / WSUS. Aquelas ferramentas em particular parecem usar um agente, que pessoalmente eu sou muito cauteloso em colocar agentes em servidores, você tem que fazer a devida diligência e provar para você que não afetará seu desempenho.
No entanto, na sua situação, eu gostaria de me sentir confortável com a empresa que você contratou antes de fazer esse tipo de mudança. Faça com que eles assumam o admin primeiro, usando as ferramentas que você está usando, e então, lentamente, integre seus processos à medida que você confia mais neles. Você não quer descobrir daqui a 3 meses que eles apenas fazem um trabalho horrível ao administrar seus servidores e têm que passar pela dor de remover as ferramentas que eles gostam.