Esta é uma pergunta duplicada de superuser.com :
No updatedb.conf, descomente a linha PRUNENAMES e adicione a extensão .pyc. No meu sistema Ubuntu, por padrão, ele lê:
# PRUNENAMES=".git .bzr .hg .svn"
Altere para
PRUNENAMES=".git .bzr .hg .svn .pyc"