Você terá que alterar suas permissões de volta para o que elas eram. Muitos programas do sistema têm requisitos de permissões específicos, e a alteração das permissões fora do diretório inicial não é uma boa ideia, a menos que você saiba especificamente que é seguro fazê-lo.
Se você alterou várias permissões e não conhece seus valores originais, está procurando uma reinstalação. Corrigir um grande número de permissões seria realmente difícil de fazer corretamente.
Se você não conseguir usar os comandos chmod e chown devido às suas permissões confusas, inicialize no CD ao vivo, monte seu disco rígido e corrija as permissões de lá.