A principal diferença é que o Suricata usa GPU no modo IPS. Tem modo IPS mais avançado em geral, inclui multitarefa, e como resultado você obtém alto desempenho permitindo processar até 10Gb de tráfego em um hardware comum. E suporta totalmente as regras do Snort. Você pode saber mais sobre os recursos do Suricata aqui: link