Qualquer aplicativo (bem quase qualquer) que nas versões anteriores fosse minimizado na área de notificação da bandeja do sistema ainda aparecerá na área da bandeja do sistema do Gnome-Shell. A localização não é imediatamente óbvia - está na parte inferior direita da tela.
Mova seu mouse para o canto inferior direito para revelar essa área - é um painel como ocultado automaticamente. Basta clicar em qualquer um dos aplicativos na bandeja do sistema para fazê-los reaparecer.
Como você apontou aMsn quando minimizado aparentemente desaparece - isso acontece tanto no Gnome-Shell quanto no Unity.
Para interromper esse truque mágico de desaparecimento, edite o arquivo /home/your_username/.amsn/[your_email]/config.xml , pesquise use_tray e altere o valor de 1 para 0
Isso ainda não permite que o aMsn minimize a área correta no shell - mas o aMsn aparece como uma janela aberta quando você clica no menu Atividades.
Nota no Unity - este truque permite que o aMsn permaneça como um ícone no Launcher.
Se você não for adverso para instalar os PPAs, então, em vez do acima, você pode instalar a extensão classic-systray
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/gnome3
sudo apt-get update
sudo apt-get install gnome-shell-classic-systray
Efetue logout e login e ative a extensão de bandeja clássica no gnome-tweak-tool.
Faça o logout e faça login novamente. Desta vez, aMsn quando minimiza, aparece na barra superior como mostrado.