No HyperV 2008 R2, você precisa usar um disco iSCSI como armazenamento compartilhado. Isso é configurado nos convidados da mesma forma que você faria com uma máquina física, não no Hyper-V.
O Hyper-V no Server 2012 permite usar um compartilhamento vhdx em vez disso. Se você ainda não tem armazenamento iSCSI disponível, pode querer verificar a atualização para obter esse novo recurso.