Existem arquivos de configuração separados para PHP quando chamados via Apache e quando chamados via CLI.
Por exemplo, no Debian (pelo menos), eles estão em /etc/php5/apache2/php.ini e /etc/php5/cli/php.ini , respectivamente.
O fato de você ter declarado manualmente imagick.so em apache2 / php.ini pode não significar nada - a maioria das distribuições tem outra forma de gerenciar módulos PHP e pode ativar automaticamente a extensão para você, então pode já ter sido adicionado.
Eu sugiro procurar como sua distribuição linux gerencia extensões PHP (para Debian e Ubuntu, ele usa um comando chamado php5enmod , que precisa ser chamado via sudo ), ou então apenas edite manualmente /etc/php5/cli/php.ini ou similar para estar atualizado.