Se você quiser excluir o diretório defaults
de ter suas permissões alteradas, você teria que literalmente não incluí-lo no comando (já que obviamente você deseja manter as permissões de tudo que você é copiando). Você pode assim fazer isso:
rsync -ahv defaults/* root@hostname:~/
Ou, no caso de você ter arquivos ou diretórios começando com um ponto dentro de defaults
e supondo que esteja usando o bash:
shopt -s dotglob
rsync -ahv defaults/* root@hostname:~/