Um domínio do Windows Active Directory funcionando corretamente não permitirá a existência de dois computadores com o mesmo FQDN.
Todo o computador Windows associado a um domínio terá um FQDN que inclua o (s) domínio (s) do Active Directory que compõem sua localização na floresta. Talvez seja possível alterar o FQDN de um domínio membro alterando o sufixo DNS principal usando netdom computername /Add:
e netdom computername /MakePrimary:
Também pode ser possível alterar HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\Tcpip\Paramaters\Domain
manualmente. Isso exigirá mais testes para ver se é possível alterar o FQDN de um PC para longe da hierarquia de um domínio enquanto ele ainda é um membro.