Como você diz, esse problema está relacionado ao uso do LDAP para informações do usuário. Sua máquina Centos6 é configurada de maneira incompatível com o servidor LDAP, de modo que, quando tenta obter a lista de grupos suplementares aos quais o usuário pertence, não encontra nada.
Infelizmente, existem vários padrões para interpretar os atributos LDAP relacionados aos grupos POSIX - rfc2307, rfc2307bis, IPA
O Centos 6 usa o SSSD para gerenciar o intertrabalho com diretórios remotos e bancos de dados de autenticação. As configurações padrão para o SSSD são usar o rfc2307.
Você provavelmente encontrará o seu servidor LDAP usando o rfc2307bis. Nós temos um servidor de diretório Centos 5, ele foi configurado por padrão para o rfc2307bis. Como complicação adicional, nosso diretório C5 estava usando o atributo 'uniqueMember' ou 'membro' para membros do grupo.
Para corrigir isso, edite /etc/sssd/sssd.conf e adicione as seguintes linhas:
ldap_schema = rfc2307bis
ldap_group_member = uniqueMember
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