Os vSwitches separados são necessários apenas quando você precisa de uma separação difícil de quais links físicos up-up podem ser usados.
O próprio vSwitch terá uma configuração de agrupamento de NICs que determina o comportamento padrão para grupos de portas e portas de kernel. Normalmente, defino todos os NICs como ativos aqui para o comportamento padrão.
Em seguida, em cada grupo de porta ou porta do kernel, você pode substituir as NICs que estão ativas e que estão em espera para esse objeto, a menos que tenha problemas de ajuste de desempenho, pode ser preguiçoso e não fazer isso e deixar todas as NICs como ativo.
Em um cenário de desempenho, você pode definir o padrão do vSwitch para usar todos os uplinks e, em seguida, configurar o gerenciamento para usar o primeiro estado de espera da NIC para o restante. vMotion para usar o segundo NIC, espera para o resto e assim por diante.
Portanto, neste caso ... se ambos os uplinks físicos foram adicionados ao vSwitch, e você configurou o VLAN-ID em cada grupo de portas, e um funciona, e um não, eu não vou adivinhar que :
1) você tem o VLAN nativo definido no outro lado como o que está trabalhando
ou
2) você não enviou todas as vlans pelo tronco
Que tal uma captura de tela deste vSwitch?
Em que tipo de chave física você está ligando?