A resposta curta é não ... quando você alterna o tempo de execução do .Net, ele roda tudo dentro desse pool de aplicativos.
Existe alguma maneira de alterar o .NET Runtime de um site sem a reciclagem completa do domínio do aplicativo de servidor?
Aparece ao alterar a versão .NET nas propriedades de configuração, todos os domínios do aplicativo parecem estar reiniciando, mas param e devem ser iniciados manualmente. Isso é chato. Appcmd.exe seria uma ótima solução, mas isso só está disponível no IIS 7: (