Eles estão em /etc/nagios3/ e /etc/nagios3/conf.d/ . Aqui estão algumas informações básicas que ajudarão você a identificá-lo também para outros softwares / pacotes.
A versão simples (upstream) do software se instala no caminho do prefixo /usr/local para evitar colisões com qualquer versão instalada pelo gerenciamento de pacotes da distribuição. Eu sugiro dar uma olhada no que os mantenedores de pacotes do Ubuntu (Debian) tinham em mente ao olhar para a lista de arquivos do pacote que você instalou:
$ dpkg -L packagename
Para o Nagios3, o pacote nagios3 é apenas um meta-pacote, então use nagios3-core e nagios3-common . Isso levará você ao caminho /etc/nagios3/ para configuração. :-)
Eu também recomendo que você leia /usr/share/doc/packagename/README.Debian arquivos que vêm com pacotes que incluem informações para os usuários sobre o que é Debian / Ubuntu específico sobre isso. Para o Nagios3 que teria incluído a informação que você está procurando também.
Bem vindo ao pacote nagios3 para o Debian GNU / Linux!
Abaixo estão algumas notas específicas do Debian que podem ser úteis para você.
[...]
Espero que isso deixe claro que caminhos específicos (e outras configurações de compilação) na documentação do upstream não devem ser considerados literalmente e sempre devem ser verificados quanto a mudanças por seus mantenedores de pacotes de distribuição (Ubuntu).