Você pode ajustar o nível de depuração do SSH para ser mais detalhado, e as impressões digitais da chave serão incluídas nos registros. Infelizmente isso também incluirá outras mensagens ruidosas com as quais você provavelmente não se importará.
Você precisa de um LogLevel de Verbose ou superior para ver a impressão digital.
# tail -50 /var/log/auth.log
Mar 14 10:01:22 myhost sshd[22092]: Found matching RSA key: 79:53:3a:31:56:e4:61:...
Mar 14 10:01:24 myhost sshd[22092]: Found matching RSA key: 79:53:3a:31:56:e4:61:...