A configuração deve funcionar.
php-fpm precisa ser reiniciado também, não apenas nginx .
Além disso, há vários scripts de inicialização (/etc/init.d/) que executam o trabalho kill correto ao parar php-fpm .
Tente
ps -ef | grep php
para obter o nome do executável (como php5-fpm ). Então
killall php5-fpm
(ou o nome que você tem).
Em seguida, inicie o php-fpm novamente.
Editar 2016 Na maioria dos sistemas unix modernos
# service php-fpm reload
é o caminho certo para recarregar a configuração (comentário de A.Gibbs)