A conversão de tabelas do MyISAM para o InnoDB realmente beneficiará gravações simultâneas e também bloqueios atômicos.
A combinação de tabelas InnoDB e MyISAM não deve afetar o desempenho da junção, a menos que essas joins tentem bloquear a tabela MyISAM completa (altamente improvável), fazer um EXPLAIN
sempre ajudará a diagnosticar as consultas.
Sobre a segunda questão, uma vez que são tabelas de backup e quase nunca usadas, elas certamente tiram proveito do MyISAM para ser o mais versátil possível.
Lembre-se destes parâmetros InnoDB : Incrível em escrita simultânea, bloqueio granular, mas não tão bom em escrita serial e também usa mais memória MyISAM : Muito leve, incrível em escrita serial, não é tão bom em escrita simultânea, menor tamanho de memória