A Microsoft, como qualquer outra empresa, responde à pressão dos clientes. Infelizmente, por um tempo, eles estavam em uma grande briga com a Red Hat, durante a qual eles nem estavam respondendo às demandas dos clientes por suporte da Red Hat, mas isso foi resolvido. A Microsoft alega que o SUSE e a Red Hat são as principais distros que as pessoas estão pedindo e, na verdade, os dois compõem uma grande parte das distribuições em grandes empresas (as que mais facilmente chamam a atenção da Microsoft). Dado o tempo que demorou e como foi doloroso fazer com que a Microsoft apoiasse esses dois, eu não iria segurar minha respiração esperando por outra distro.
Tecnicamente, o problema é o desempenho. Você pode criar uma VM no Hyper-V e executar qualquer distro desejada e ela funcionará se você usar a NIC legada e a controladora de armazenamento IDE normal. O problema que você encontrará é que o desempenho da VM com o NIC herdado e o controlador IDE sem drivers melhores é ruim. Com o lançamento do Hyper-V R2 (e Windows 2008 R2), a Microsoft lançou o Linux Integration Components Version 2. Uma vez instalado, você pode usar o NIC sintético que é muito melhor e você verá que o controlador IDE tem desempenho semelhante ao uma VM do Windows. O teste e a documentação da Microsoft para os componentes de integração foram feitos apenas com o SUSE e Red Hat, mas muitas pessoas conseguiram instalá-los com sucesso em outras distribuições Linux e estão funcionando bem. Você simplesmente não pode pedir ajuda à Microsoft se algo quebrar ou agir de forma estranha. Os componentes de integração também foram lançados sob a GPL, então outras distros podem optar por integrá-los para tornar as coisas ainda mais fáceis.
Os componentes de integração estão aqui: link
Aqui está um howto para o Ubuntu: link