Eu já fiz várias pessoas me fazerem essa pergunta, minha resposta é baseada na implementação do Confluence em duas empresas diferentes e no trabalho com o Confluence e o SharePoint há vários anos. Eu também sou um administrador do Confluence, então sou inclinado a isso como uma solução.
Como uma plataforma de documentação / colaboração pura, o Confluence é uma solução muito melhor que o SharePoint: é relativamente fácil de configurar e entender. A interface do usuário é fácil de entender para a maioria dos usuários. Também é muito extensível (plugins) e confiável (particularmente as versões 3.x). No entanto, eu o aconselho a não usá-lo como um compartilhamento de arquivos (compartilhamento de PDFs, etc.), o Confluence não foi criado para ser um servidor de arquivos. Se você quiser compartilhar documentos com o Confluence, escreva-os no formato wiki desde o início e todos serão muito mais felizes a longo prazo.
O SharePoint, por outro lado, tenta ser muitas coisas para muitas pessoas. Eu acho que é a maior força e a maior fraqueza. É um compartilhamento de arquivos, é um site, sistema de controle de versão, integra-se com o Microsoft Office, tem uma função wiki (muito fraca). A lista de recursos do SharePoint é enorme, mas todos os seus recursos não parecem acrescentar algo terrivelmente útil. Você pode fazer qualquer coisa, mas você tem que estar disposto a investir tempo e dinheiro para descobrir o que você quer e implementá-lo. Não espere instalar o SharePoint e seja útil imediatamente.
A outra grande falha no SharePoint é sua interface de usuário. A interface pronta para uso é apenas irritantemente confusa na minha opinião. Mais uma vez, espere investir algum tempo na frente para fazer a interface funcionar do jeito que você precisa.
Então, em resumo, acho que o Confluence é uma solução mais rápida e fácil para colaboração de documentos e coautoria. O SharePoint é uma plataforma muito capaz de compartilhamento de arquivos, controle de versão e strong integração com o Microsoft Office, no entanto, você deve ter um plano de implementação claro para o SharePoint para que ele seja uma ferramenta útil e bem-sucedida para sua organização.