Não, o chrooting não é uma prática padrão no Apache. Eu não consideraria necessário também. No entanto, chuser e chgroup são - você não deve executar o Apache como root. Fazer todos os três é comum com o BIND. Você deve usar o padrão para executar com menos privilégios necessários para todos os daemons e todos os casos.
É discutível que o chrooting é inútil em muitos casos também. Confira Abusando de uma cadeia chroot .