Não, não é. Você precisa atualizar para o IIS7 para isso.
No IIS6, você pode definir o sinalizador enable32BitAppOnWin64 como true para permitir que toda a instância do IIS execute aplicativos de 32 bits, mesmo se o sistema operacional do servidor for de 64 bits. No IIS7, você pode definir esse sinalizador por aplicativo - o que não é possível no IIS6. Esta é uma maneira de fazê-lo no IIS7 (pode ser feito através da interface do usuário e edição de arquivos):
appcmd apppool set /apppool.name:Cool32bitApplicationPool /enable32BitAppOnWin64:true