No site que tem mais usuários, eu configuraria um pequeno rack com uma máquina Windows Server 2008 e uma combinação de firewall / roteador / switch gerenciado na frente do servidor.
Neste servidor, eu configuraria o Active Directory e o tornaria o controlador de domínio. Todos os usuários teriam uma conta de domínio, com perfis / diretórios base armazenados nesse servidor. Também funcionaria como um servidor de arquivos para os arquivos compartilhados necessários.
Este servidor também seria configurado com um sistema de backup em fita, já que é o principal repositório de dados. Eu garantiria que os backups incluíssem os diretórios base e os perfis dos usuários. Este servidor também pode executar um AV administrado centralmente, bem como o Windows Server Update Services.
No AD, eu configuraria as unidades organizacionais relevantes (UOs) com base em alguns critérios comuns, como departamento. Você pode então atribuir permissões a pastas compartilhadas com base nessas OUs.
Para as máquinas cliente, se possível, criaria uma imagem de instalação universal e faria a imagem de novo de todas as máquinas. Certifique-se de que qualquer informação específica da empresa seja migrada para o servidor de arquivos. Todos os usuários devem receber um treinamento obrigatório que explique como operar em um ambiente de rede. Verifique se eles entendem os problemas com vários logins e amp; perfis & perder o trabalho, não armazenar coisas em sua unidade local, etc.
Eu administraria o máximo possível centralmente através da política de grupo.
No site com menos pessoas, eu veria inicialmente se era viável conectar os usuários à rede via VPN. Isso deve permitir o acesso aos servidores de arquivos, etc. Somente se isso não estivesse funcionando por algum motivo eu adicionaria um segundo servidor neste local. Se eu fizesse, eu faria um backup do controlador de domínio do AD, replicando a partir do primário. Eu replicaria a estrutura de diretórios do PDC e os usuários nesse local teriam seus perfis & diretórios home armazenados aqui. Eles ainda precisariam ser copiados, etc. As principais pastas compartilhadas ainda estariam no servidor de arquivos principal. Você também precisaria de alguma forma de firewall / roteador / switch gerenciável de front-end de rede nesse local também.
Tenho certeza de que estou deixando algo de fora, mas isso deve ser um bom ponto de partida.
BTW, um último ponto. O Linux é ótimo em um ambiente * nix. As pessoas gostam de jogar lixo na Microsoft, e eu não concordo com tudo o que elas fazem, mas na maior parte, sua tecnologia é projetada para integrar bem. Se você não é um administrador Linux experiente e tem um ambiente predominantemente Windows, resista à armadilha de "Linux is free". Tem o seu lugar, mas o lugar não é como um substituto imediato do Windows. Se você decidir substituir o Vista pelo Linux, é uma história diferente ...