A replicação master-master é assíncrona, portanto, ela definitivamente será interrompida se você gravar nos dois servidores de uma só vez.
Mesmo que os incrementos automáticos estejam funcionando, qualquer outro índice exclusivo e muitas outras situações podem quebrá-lo - é muito frágil para ser usado.
Mas é possível usar master-master como PART de uma solução de HA, você só precisa garantir que os aplicativos só gravem em um dos pares e em uma situação de failover "limpa", por exemplo, quando o administrador falha, ele espera que o escravo alcance antes de comutar.
Isso não é extremamente difícil na prática, mas um pouco inconveniente.
Sua principal outra opção é usar o DRBD, que também não é muito difícil de configurar - mas, neste caso, a segunda máquina não é nem utilizável como uma réplica de leitura - ela apenas fica lá como uma peça de reposição. O DRBD replica de forma síncrona o armazenamento subjacente, portanto tudo é gravado com segurança em ambas as máquinas.
Existem algumas aplicações que são especialmente projetadas para tolerar os problemas multi-master - estas precisam ser projetadas MUITO cuidadosamente com essa exata situação em mente - neste caso, tudo bem. Você não pode usar aplicativos não projetados para isso.
o incremento automático não é o único ou o principal problema.