Você deve ser capaz de executar backups para o volume iSCSI, desde que você não esteja tentando fazer o backup de uma voluna no iSCSI para si mesmo (ou seja, ter um volume de backup separado e você estará bem).
Para restaurar, você usará o "Recovery Environment" do Windows, assim como faria com qualquer outra restauração baseada no Windows Backup. Não estou achando documentos ao anexar a um destino iSCSI com o Ambiente de Recuperação do Windows, portanto, recomendo pesquisá-lo com mais profundidade antes de começar a confiar em tal backup.
Aqui está um guia "passo a passo" da Microsoft sobre: Backup do Windows no Server 2008: link
Alguns artigos no Windows RE: - link - link
Não tendo um armazenamento iSCSI à mão agora, não posso fazer nenhum teste para você. Eu esperaria que fazer com que o iniciador iSCSI se conecte a um destino do WindowsRE não será muito difícil, mas provavelmente será um pouco fora do caminho.