Parece que você está usando o InnoDB como seu tipo de mecanismo de banco de dados principal, mas sua configuração não possui opções de ajuste de configuração do InnoDB, o que significa que você está usando os padrões. Esses padrões, fora da caixa, são dimensionados para uma máquina de 8Mb!
Eu recomendo essas configurações como base e trabalho de lá
innodb_file_per_table
set-variable = innodb_buffer_pool_size=2G
set-variable = innodb_log_files_in_group=4
set-variable = innodb_log_file_size=128M
set-variable = thread_cache_size=10
set-variable = table_cache=512
set-variable = query_cache_size=8M
Você não disse se o site do php estava compartilhando a mesma máquina que o seu servidor db, então você terá que ter cuidado para que o MySQL não consuma tanta RAM física que faça com que a máquina troque.
Também recomendo que você adicione essas configurações a consultas e consultas lentas e lentas com um plano de consulta ruim.
log_slow_queries
log-queries-not-using-indexes
set-variable = long_query_time=1