O modo seguro do PHP será obsoleto com o PHP 6.0 e os desenvolvedores PHP não ficaram satisfeitos com ele por um longo tempo. Por exemplo, leia o artigo safe_mode do PHP ou como não implementar segurança que foi escrito pelo gerenciador de lançamento do PHP 5.2.
Eu acho que existem métodos muito melhores para proteger uma instalação do PHP. Eu estou usando SuPHP (ou SuExec em conjunto com FastCGI) e as restrições de open_basedir do PHP para garantir a minha instalação e tem funcionado muito bem até agora. Não há necessidade real de safe_mode, que IMHO apenas o restringe como usuário e desenvolvedor, mas não oferece segurança real.