Isso vai depender se o driver da sua placa gráfica suportar isso (se você informar qual cartão você tem, então podemos confirmar isso), mas.
xrandr --output <output> --rotate <direction>
deve fazer isso.
Confira
man xrandr
aqui é extraído da seção EXEMPLOS
Sets an output called LVDS to its preferred mode, and on its right put an output called VGA to preferred mode of a screen which has
been physically rotated clockwise:
xrandr --output LVDS --auto --rotate normal --pos 0x0 --output VGA --auto --rotate left --right-of LVDS
Note que isto não funciona ao usar o driver binário nvidia, veja o comentário para uma solução alternativa