Você não disse quantas pessoas usarão esse servidor, que tipo de dados ele terá, que tipo de desempenho os usuários precisarão, etc. Sem saber, dar um bom conselho é impossível. As duas respostas acima, por exemplo, podem ser boas em um tipo de situação e acabam desperdiçando seu tempo e dinheiro em outro.
Ainda assim, é possível pelo menos guiá-lo na direção certa.
Antes de mais nada, independentemente de seus objetivos, configure o RAID: RAID1, se precisar de algo muito básico, RAID5 se precisar de muito armazenamento e não se importar com gravações de alto desempenho ou RAID10 se tiver dinheiro e precisa de armazenamento rápido.
Em seguida, observe sua utilização para escolher entre SAS e SATA. Se você tiver muitos usuários, ou tiver poucos usuários, mas os aplicativos deles acessarem muitos arquivos simultaneamente ou precisarem de altas transferências sustentadas ou precisarem de alta confiabilidade - obtenha o SAS. Se nada disso se aplicar - obtenha SATA. Isso inclui um novo controlador (IDE e SCSI são obsoletos - eu diria que seu computador não está muito veloz com os padrões de 2009).
Você pagará cerca de 3x-5x mais por unidade de armazenamento com o SAS em comparação com o SATA.
E agora - esqueça tudo o que eu disse e arrume um Drobo que atenda às suas necessidades.