Eu concordo que parece que você deveria estar olhando os scripts que fazem os comandos sendmail / mail, já que provavelmente está lá onde as coisas estão erradas.
Mas, se você não pode alterar esses scripts, você pode pelo menos descobrir o que eles estão transmitindo para o comando de correio que estiver sendo usado, e então você corrige este fluxo em tempo real, acrescentando de cabeçalhos etc.
Veja como usei o sed para fazer isso em outro lugar: link
Basicamente, supondo que seja sendmail invocando o envio de email, você renomeia o sendmail.bin e então cria o seu próprio sendmail.bin que contém a interceptação baseada em sed do fluxo, sua manipulação, e então o encaminha para o sendmail renomeado. bin