A versão original do cloud-init é escrita em python.
O CoreOS implementou sua versão no Go e não suporta todos os mesmos recursos. Na verdade, ele também suporta coisas que a versão python não se relaciona especificamente ao CoreOS. O runcmd não é um dos recursos suportados.
O que é suportado está listado aqui .
Para executar um cmd, você teria que inserir um arquivo de unidade e executá-lo.