PHP 5.3.5-0.dotdeb.0
indica que os pacotes do php que você instalou são do dotdeb.org, em vez do arquivo principal. Esses pacotes não são não compilados para o Ubuntu, mas para o Debian, e é provável que eles tenham sido construídos em uma versão mais antiga do libxml2.
Você estaria melhor usando os pacotes php5 do Ubuntu, ou se uma versão mais recente for necessária, para usar pacotes de um PPA confiável.