Em geral, tudo o que você precisa fazer é migrar as linhas relevantes em /etc/passwd , /etc/shadow e as variantes de grupo ( /etc/group e /etc/gshadow ) junto com os arquivos iniciais.
Você pode simplesmente clonar esses arquivos, mas acho que provavelmente é melhor remover as contas do sistema que podem (ter um design ruim, mas podem) armazenar suas senhas no sistema, o que pode ser diferente em sua nova instalação.
O melhor guia que vi para fazer isso de maneira seletiva é esse aqui . Apenas tome cuidado para que, no final, você esteja usando >> para anexar as contas de usuários antigas aos arquivos do novo servidor e não para > , o que os substituiria.