Independentemente de você usar o Wubi ou configurar uma partição separada, sua instalação do Windows deve permanecer segura. Como acontece com qualquer grande mudança no sistema, você pode querer fazer backup de todos os dados do Windows que você considera importantes antes de prosseguir, e garantir que você entenda completamente o que está fazendo em cada etapa do processo de instalação.
Se você tiver alguma dúvida depois de começar, não hesite em pesquisar este site ou os fóruns do Ubuntu para obter ajuda adicional. Se você não encontrar um problema parecido que outra pessoa teve, vá em frente e poste uma nova pergunta. Estamos aqui para ajudar!