Sim, a Replicação DFS (DFSR) será a melhor maneira de sincronizar pastas entre os dois sites, no entanto, você precisará colocar algum trabalho e ler ou contratar um consultor.
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Esse guia é para 2008, mas os princípios são amplamente os mesmos para 2003/08/12. (Incidentalmente, com o Windows 2003 ficando sem suporte em menos de um ano, acho que você ficaria louco em se esforçar para embaralhar os servidores e reconfigurar o ambiente neste momento.)
Uma das primeiras coisas que você precisará fazer é compreender o fato de que a Replicação DFS (DFSR) e os DFSN (Namespace de Espaço de Dados DFS) são dois recursos completamente diferentes e podem ser utilizados independentemente. Você pode, por exemplo, usar o DFSR para replicar suas pastas e fazer com que os clientes em cada ponto de site direcionem para o compartilhamento no servidor local, sem usar o DFSN.
Se você estiver usando Namespaces DFS baseados em domínio, você apontará seus clientes para \\ domain.local \ Share e quando o cliente acessar o compartilhamento, eles receberão uma 'referência' de um DC, que os direcionará para servidor (es) que hospeda uma cópia do compartilhamento. Para fazer com que o cliente vá para o servidor local ou "no local", as referências são calculadas com base no site dos clientes e servidores e no custo dos links do site (Sites do Active Directory).
Não é magia negra, mas os requisitos e mecanismos reais para cumpri-los são inerentemente complicados. Há muita documentação por aí, então você só tem que fazer um monte de pesquisas e configurar um ambiente de teste, não há maneira fácil de contornar isso.