É um comportamento esperado.
Você pode ver em "sysconfig.txt"
ONBOOT=yes|no (not valid for alias devices; use ONPARENT)
Agora, por que usar ONPARENT, por causa dessa sub-rotina no mesmo arquivo:
Alias specific items:
ONPARENT=yes|no
Whether to bring up the device when the parent device is brought
up.
Default: yes
Portanto, mesmo se você tiver "ONBOOT = não" "ONPARENT = yes" prevalecerá e ativará suas interfaces virtuais.