EDITAR: A versão anterior desta resposta estava incorreta.
If I enable auto-signing, will the zones files change?
Sim . O BIND atualizará o arquivo que você especificar no estilo de configuração "dinâmico". Isso significa que o arquivo inteiro geralmente é reescrito, perdendo as diretivas "$ INCLUDE", convertendo para formatação "padrão", etc.
Com a assinatura manual de arquivos, os arquivos de zona originais não são alterados. Você não pode usar as Atualizações dinâmicas com arquivos assinados manualmente, portanto, há uma compensação. Geralmente, você mantém o arquivo de zona original manualmente e usa assinatura manual ou usa o nsupdate para manter o arquivo original e permite que o BIND assine automaticamente a zona. Nota: por último, eu vi que o BIND não podia gerar automaticamente as chaves ZSK, então você ainda precisa rotacioná-las manualmente (ou roteirizar o processo).