Existe um plugin 3D Windows disponível na seção Effects do CCSM se você instalar o módulo extras para o Compiz
sudo apt-get install compiz-plugins-extra
Aviso 1 - isso não pode ser usado em conjunto com o Unity - por isso, se você pretende entrar na sessão do Unity, precisará desativar primeiro as janelas 3D.
Aviso 2 - por favor, veja isto questione e responda a respeito de porque usar ccsm
pode causar sérios problemas de estabilidade.