Se você não quiser usar o módulo para remover o cabeçalho, terá que modificar a fonte para não enviá-lo. Não há nenhuma opção no nginx para não enviar o cabeçalho do servidor nginx. Em uma nota lateral, remover o cabeçalho provavelmente não impedirá as pessoas de descobrirem que você usa o nginx, já que cada servidor possui certos comportamentos que podem ser testados.