Acho que a melhor maneira de fazer isso é usar um recurso file com ensure => absent , como em
file { '/etc/yum.repos.d/crufty.repo':
ensure => absent,
}
Não parece que o tipo de recurso yumrepo suporta a remoção (embora você possa definir enabled => false , o que na prática lhe traria o mesmo comportamento).