Geralmente sim, mas isso pode ser obtido por sudo ou por um daemon de backup, não é obrigatório ter root login ativado. Detalhes dependem da tecnologia de backup que você deseja usar.
Eu tenho uma conta em um servidor e gostaria de automatizar os backups em outro servidor. Eu desabilitei logins root para segurança. Você precisa de acesso root para fazer backup completo de um servidor?