ec2-stop-instances
não aguarda a parada da instância. Apenas informa à AWS para parar a instância. Ele não espera que a instância pare de fato.
Depois de executar ec2-stop-instances
, você precisará executar ec2-describe-instances
repetidamente para obter o status atual e somente quando o status for 'parado' você continuará com o seu script.