Uma solução pode ser escrever um script wrapper para os comandos relevantes, strongmente proteger este script e permitir um sudo sem senha para isso.
Editar: Um script de wrapper é apenas um pequeno script de shell no qual você descarrega os comandos críticos. Você pode proteger isso (por exemplo, tornar aceessible apenas o usuário Apache).
Para o sudo, há muitas perguntas no Serverfault e em outros lugares, e também há uma página man: man sudo
e man sudoers
.
Se você tiver dificuldades com isso depois de ler os documentos disponíveis, ainda poderá fazer uma pergunta específica sobre o seu problema.