Depende inteiramente do aplicativo de recebimento.
- A maioria dos servidores FTP / SFTP manteria o arquivo parcial sob a suposição de que o cliente retomará a transferência posteriormente.
- SCP tem cerca de 50/50 na minha experiência. Eu suponho porque é uma opção configurável e diferentes distros decidiram sobre diferentes padrões, mas eu realmente não olhei para isso.
- Os servidores Windows que usam o SMB excluirão o arquivo parcial.
E é sobre isso por comportamentos conhecidos. Qualquer outra coisa é específica da implementação.